在1993年1月的例行体检中,米尔肯被检查出前列腺癌末期,癌细胞已经扩散到了他的淋巴,医生认为最多只能再活两年。但米尔肯在1993年被提前释放后接受了激素治疗和放射治疗,并以自律而积极的生活奇迹般地痊愈。恢复健康后米尔肯开始积极投资医疗和教育事业,于1993年建立了专门的前列腺癌基金会(PCF,Prostate Cancer Foundation,原名“CaP Cure”),并以商人的思维、充裕的资金及更弹性的研究方式改变了之前程序繁杂且效率不佳的医疗研究运作方式,而PCF目前已成为世界最大的前列腺癌研究私人赞助机构。
1996年米尔肯和他的合作伙伴们创办了知识寰宇(Knowledge Universe)公司,通过不断地并购逐渐发展到目前年产值多于15亿美元的规模并拥有13家子公司。 2003年,米尔肯发起了常驻华盛顿的智囊机构“Faster Cures”,推广自闭症、牛皮癣和乳腺癌等研究,2007年又成立黑色素瘤研究联盟(Melanoma Research Alliance)。从医学到教育,米尔肯出狱后在公益事业的红火表现让人依稀还能看到当年“垃圾债券之王”的影子。